Jan Emendörfer ist der Sohn des deutschen Kommunisten, Widerstandskämpfers gegen den Nationalsozialismus und Redakteurs Max Emendörfer (1911–1974) und dessen Frau Gertrud. Jan Emendörfer wuchs in Heiligendamm auf, besuchte die Schule in Bad Doberan und machte eine Ausbildung als Baumaschinist in Rostock. Von 1982 bis 1984 absolvierte er den Grundwehrdienst bei der Nationalen Volksarmee. Anschließend wurde er Mitarbeiter, später Wirtschaftsredakteur der Zeitung „Freiheit“ in Halle/Saale. Im Fernstudium studierte er an der Leipziger Fachschule für Journalistik mit Abschluss im Juni 1989. Im Sommer 1990 ging er als Redakteur zur Ostsee-Zeitung nach Rostock. Dort leitete er zunächst das Ressort Wirtschaft und übernahm 1997 das Ressort Reportage. Im selben Jahr veröffentlichte er unter dem Titel Verfemt – Mein Vater Max Emendörfer die Biografie seines Vaters. Sie erschien 2004 in zweiter Auflage und im Jahr 2020 in einer Neuauflage. 1999 wurde Emendörfer Mitglied der Chefredaktion der Ostsee-Zeitung und 2008 Chefredakteur. 2012 wechselte er als Chefredakteur zur Leipziger Volkszeitung, die er bis Ende 2020 leitete. Danach wechselte er innerhalb der Madsack Mediengruppe (Hannover) zum Hauptstadtbüro des RedaktionsNetzwerks Deutschland (RND) nach Berlin und ist dort Chefkorrespondent für Osteuropa und Russland. Emendörfer ist verheiratet, hat drei Kinder und lebt in Berlin und Heiligendamm.
